MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia valaisiana VS116 plasmid VS116_lp54

Total Repeats: 325

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012177	A	6	6	1	6	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012177	CCTAA	2	10	18	27	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
3	NC_012177	A	6	6	46	51	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012177	TAAA	2	8	65	72	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012177	ATT	2	6	78	83	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012177	AGA	2	6	108	113	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012177	ATAAA	2	10	138	147	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012177	ATA	2	6	151	156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012177	CAA	2	6	188	193	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_012177	AAT	2	6	219	224	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012177	A	7	7	229	235	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012177	CAA	2	6	257	262	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_012177	ATT	2	6	266	271	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012177	TTAA	2	8	277	284	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012177	AT	3	6	336	341	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012177	TAAT	2	8	364	371	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012177	G	7	7	374	380	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012177	TAC	2	6	460	465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_012177	AATT	2	8	533	540	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012177	AATT	2	8	549	556	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012177	TTA	2	6	584	589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012177	AG	3	6	629	634	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012177	TTA	2	6	1133	1138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012177	A	8	8	1138	1145	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012177	AAT	2	6	1154	1159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012177	T	6	6	1159	1164	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012177	CT	3	6	1218	1223	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_012177	A	6	6	1274	1279	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012177	TAA	3	9	1365	1373	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012177	TTA	3	9	1424	1432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012177	ACT	2	6	1439	1444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_012177	ATTA	2	8	1994	2001	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012177	ACT	2	6	2065	2070	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_012177	TA	3	6	2953	2958	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012177	ATTAT	2	10	2974	2983	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012177	A	7	7	3009	3015	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012177	TAAA	2	8	4317	4324	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012177	TA	3	6	4338	4343	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012177	ATGT	2	8	4350	4357	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012177	TAA	2	6	4404	4409	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012177	AAAG	2	8	4419	4426	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012177	CAA	2	6	4428	4433	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_012177	AT	3	6	4438	4443	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012177	ACA	2	6	4446	4451	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_012177	CTT	2	6	4484	4489	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_012177	AGA	2	6	4491	4496	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012177	A	6	6	4521	4526	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012177	ATTTAA	2	12	5031	5042	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012177	T	8	8	5054	5061	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012177	A	9	9	5062	5070	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012177	AT	3	6	5082	5087	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012177	ATA	2	6	5101	5106	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012177	ATT	2	6	6991	6996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012177	T	6	6	6995	7000	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012177	CTA	2	6	7006	7011	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_012177	TAAA	2	8	7017	7024	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012177	AAAT	2	8	8094	8101	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012177	T	7	7	9069	9075	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012177	TAA	2	6	9107	9112	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012177	TA	3	6	9117	9122	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012177	TAT	2	6	9147	9152	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012177	ATTTT	2	10	9154	9163	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012177	T	9	9	9160	9168	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012177	TTAT	2	8	9182	9189	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012177	TAATA	2	10	9228	9237	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012177	AT	3	6	9248	9253	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012177	TA	3	6	10977	10982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012177	TAT	2	6	11026	11031	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012177	TA	3	6	11049	11054	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012177	TGAA	2	8	11249	11256	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012177	ATA	2	6	11259	11264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012177	TAA	2	6	11287	11292	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012177	TAA	2	6	11308	11313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012177	TAAA	2	8	11325	11332	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012177	AAT	2	6	11347	11352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012177	TATTT	2	10	11383	11392	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012177	AT	4	8	11431	11438	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012177	T	7	7	11448	11454	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012177	T	6	6	11458	11463	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012177	TACTT	2	10	11473	11482	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_012177	T	6	6	11481	11486	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012177	ATTA	2	8	11500	11507	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012177	TAA	2	6	12767	12772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012177	AGG	2	6	14117	14122	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012177	ATTT	2	8	14679	14686	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012177	T	6	6	14842	14847	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012177	T	7	7	14894	14900	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012177	A	6	6	14917	14922	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012177	TAA	2	6	14952	14957	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012177	TAC	2	6	14974	14979	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_012177	TTAA	2	8	14986	14993	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012177	TTA	2	6	15074	15079	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012177	ATT	2	6	15127	15132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012177	AT	3	6	15166	15171	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012177	CA	4	8	15191	15198	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_012177	TA	4	8	15700	15707	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012177	GTA	3	9	15790	15798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012177	TAA	2	6	16338	16343	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012177	TAAA	2	8	16350	16357	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012177	ATTT	2	8	16427	16434	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012177	CCT	2	6	17000	17005	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_012177	TAAT	2	8	17014	17021	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012177	AAATA	2	10	17054	17063	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012177	AGT	2	6	17070	17075	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012177	TAA	2	6	17076	17081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012177	TTTTA	2	10	17119	17128	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012177	TAT	2	6	17134	17139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012177	ATTTT	2	10	17145	17154	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012177	GTTT	2	8	17170	17177	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012177	TAAT	2	8	17276	17283	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012177	TAAAT	2	10	17291	17300	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012177	TTTC	2	8	17707	17714	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_012177	ATTT	2	8	17724	17731	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012177	TTA	2	6	17732	17737	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012177	A	6	6	17752	17757	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012177	TA	3	6	17758	17763	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012177	ATTA	2	8	17771	17778	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012177	AATTT	2	10	17793	17802	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012177	A	7	7	17816	17822	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012177	TTAA	2	8	17824	17831	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012177	AAC	2	6	19831	19836	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_012177	T	6	6	19846	19851	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012177	ATTT	2	8	19925	19932	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012177	T	6	6	19946	19951	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012177	A	7	7	19954	19960	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012177	ATT	2	6	19997	20002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012177	TGAAT	2	10	20058	20067	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012177	ATTTA	2	10	20485	20494	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012177	AAG	2	6	20505	20510	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012177	TAT	2	6	20526	20531	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012177	TAA	2	6	20533	20538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012177	T	7	7	20577	20583	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012177	AT	3	6	20594	20599	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_012177	GA	4	8	20606	20613	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012177	AGAA	2	8	20813	20820	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012177	ATA	2	6	20844	20849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012177	AT	3	6	20870	20875	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012177	ATTG	2	8	20880	20887	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012177	TG	3	6	20906	20911	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_012177	AAAT	2	8	20947	20954	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_012177	TAT	2	6	21529	21534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012177	TTA	2	6	21535	21540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012177	T	6	6	21555	21560	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_012177	A	8	8	21583	21590	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_012177	TTA	2	6	21598	21603	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_012177	T	6	6	21611	21616	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_012177	A	6	6	21660	21665	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_012177	CCT	2	6	23261	23266	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_012177	T	7	7	23266	23272	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_012177	AAT	2	6	23279	23284	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_012177	A	6	6	23433	23438	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_012177	ATAA	2	8	23449	23456	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_012177	ACT	2	6	23469	23474	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_012177	AAG	2	6	23543	23548	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_012177	TTG	2	6	23560	23565	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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303	NC_012177	TTA	2	6	51721	51726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_012177	TTTATT	2	12	51729	51740	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_012177	TAA	3	9	51775	51783	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
306	NC_012177	TAT	2	6	51791	51796	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
307	NC_012177	TAA	2	6	51838	51843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_012177	TTA	2	6	51847	51852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_012177	A	6	6	51885	51890	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
310	NC_012177	AT	4	8	51914	51921	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_012177	AAAT	2	8	51955	51962	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
312	NC_012177	TA	3	6	51968	51973	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
313	NC_012177	TA	3	6	52811	52816	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_012177	ATT	2	6	52826	52831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_012177	T	8	8	52878	52885	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
316	NC_012177	T	6	6	52887	52892	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
317	NC_012177	C	6	6	52915	52920	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
318	NC_012177	TAA	2	6	52980	52985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
319	NC_012177	GAT	2	6	53075	53080	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
320	NC_012177	GAG	2	6	53115	53120	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
321	NC_012177	TAA	2	6	53160	53165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NC_012177	AAT	2	6	53544	53549	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
323	NC_012177	TTA	2	6	53560	53565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
324	NC_012177	T	7	7	53909	53915	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
325	NC_012177	A	6	6	53916	53921	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.